但与珠三角其他市的高新区相比较，江门高新区也存在一些突出问题：管理体制和运行机制一直没有理顺；区域范围相对较小，发展空间受限；科技资源相对缺乏，自主创新能力还不够强；经济规模偏小，产业层次偏低；投入明显不足，基础建设不够完善配套。这些问题如果不能尽快解决，将严重制约高新区今后的发展。
因此，抓住国家和省高度重视国家高新区发展的历史机遇，乘升格东风进一步加快发展，是江门高新区当前面临的重大问题。而要提高发展水平就必须根据新形势和新要求，进行顶层设计、科学规划，在明确发展方向、定位、目标、任务的同时，更要认真总结经验教训，下决心解决制约高新区发展的重大问题。
构建科学高效的管理体制和运行机制，是高新区快速发展的动力源泉，而机制体制不顺、相关权限未能落实，也是江门高新区发展的重要瓶颈制约。赋予国家级高新区市级经济管理权限和实行一级财政管理，是省委、省政府的明确规定；10年间江门高新区的工业产值从7.3亿元发展到315亿元，税收从3000多万元增加到7.38亿元，落户企业增加到近500家，也具备了实行这一体制的条件。因此，落实新体制是顺理成章、势在必行。
不断优化发展环境、提供有效的政策支持，是引导创新资源集聚，增强自主创新能力，提高江门高新区发展水平的关键。一方面要支持高新区加快建设高水平科技园区，创造条件吸引国内外科研机构、科技孵化企业进驻，引导大型高新技术项目向高新区集中；另一方面要以增强创新发展能力为核心，加大对高新技术企业和新兴产业的财政扶持力度，支持高新区设立高新技术产业发展引导资金，制定、实施吸引和培养高层次人才，开展金融创新综合试验等政策措施。
通过增加基础投入、优化资源配置来增强高新区的辐射带动能力，是充分发挥江门高新区的先导和示范效应，引领、带动我市经济发展的重要途径。因而要支持高新区加快建设高水平的创新创业载体，发展高端产业集群；加强公共服务与孵化功能建设，加快基础设施和生活服务设施的配套完善；还要支持江门高新区拓宽发展空间，创造条件将有关产业园区逐步纳入其管理范围，实行“一区多园”的发展模式。
只要认真做好顶层设计，并把有关决策和政策真正落到实处，江门高新区就必定能够成为全市经济发展的重要引擎，珠三角西部现代科技新城也一定能如期建成。